酢酸は腸のぜん動運動を促進し、便通をスムーズにする作用があり、便秘を改善する効果がある有機酸として知られています。
グルコン酸（gluconic acid）は、酢酸を除いた有機酸では最も多く、その約半分を占めています。グルコン酸は、大腸に到達し、大腸で善玉菌のビフィズス菌を増やすことで、整腸作用があるとされています。
グルコン酸は、一般の酢にも含まれていますが、黒酢は、その長い熟成期間により含有量が多いと考えられています。黒酢が長い間熟成されることで生成されるものに、リンゴ酸があります。
リンゴ酸は、同様に含まれるクエン酸と似たような働きがあり、クエン酸より酸味が弱く、果物の甘酸っぱさはリンゴ酸によるものです。クエン酸とともに摂取すると、殺菌作用や胃腸の働きを活発にすることが知られています。
リンゴ酸には、整腸作用などの、体内を浄化する作用があるとされるほかにも、炭水化物代謝作用や、血液をアルカリ性にしたり、体内の炎症を癒す抗炎症作用があるといわれています。
黒酢は、これら有機酸の働きによって整腸作用があり、便秘改善効果を期待できるといえます。ところで、便秘には、痙攣性便秘というストレスなどが原因で便秘と下痢を繰り返すようなタイプがあります。このようなタイプの人の場合は、黒酢のような酸っぱいものや、また辛いものなど刺激のあるものを摂るのは逆効果になります。
黒酢が効果があるとされるのは、結腸性便秘（弛緩性便秘）や直腸性便秘（習慣性便秘）のように大腸の蠕動運動を促すことが効果がある便秘です。食前に大匙一杯の黒酢を飲むことで効果が期待できるとされています。
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